Los trastornos psiquiátricos causan con frecuencia insomnio persistente. La depresión suele acompañarse de sueño fragmentado o despertar temprano por la mañana, con disminución del tiempo y alteración de la distribución del sueño NMOR, inicio más temprano del sueño MOR y un cambio de la actividad MOR a la primera mitad de la noche. En casos atípicos, la depresión puede acompañarse de hipersomnio. En trastornos maniacos, el insomnio es una característica cardinal y un signo temprano importante de manía inminente en casos bipolares.

El abuso de drogas se acompaña con frecuencia de insomnio, el del alcohol puede causar o ser secundario al trastorno del sueño. Hay tendencias a utilizar el alcohol como medio para dormirse sin considerar que altera el ciclo normal del sueño. El abuso crónico del alcohol aumenta la etapa uno y disminuye el sueño MOR, persistiendo los síntomas durante muchos meses después de que el individuo ha dejado de beber. La supresión aguda del alcohol causa retraso para el inicio del sueño y rebote MOR con despertar intermitente durante la noche.

El tabaquismo intenso (más de una cajetilla por día) causa dificultad para conciliar el sueño, al parecer independiente del aumento -con frecuencia concurrente- del consumo del café. La ingestión excesiva de cafeína y otros estimulantes como remedios populares para el resfrío casi a la hora de acostarse, disminuye el tiempo total de sueño principalmente de MOR, con cierto aumento de la intensidad de sueño.

Los sedantes hipnóticos, específicamente las benzodiacepinas que son los medicamentos de elección para promover el sueño, tienden a aumentar el tiempo total del sueño, disminuir su latencia y reducir el despertar nocturno con efectos variables en el sueño NMOR. Su supresión causa los efectos opuestos y ello contribuye al problema con el uso prolongado de sedantes. Después de un tiempo (por lo general de 30 a 60 días de usarlo todas las noches), la continuación del uso del fármaco tiene como fin evitar síntomas de supresión. Varios medicamentos psicoterapéuticos (por ejemplo, trazodoma, tioridacina) tienen efectos secundarios sedantes y pueden elegirse para los trastornos en que se están indicados por esta propiedad; algunos preparados populares (por ejemplo, antihistamínicos, estimulantes) se venden por sus efectos secundarios de alteración del sueño.

Los antidepresores disminuyen el sueño MOR con rebote notable al suprimirlos en forma de pesadilla y tienen efectos variables en el NMOR. Lo primero se correlaciona con los informes que indican que la supresión del sueño MOR es paralela a la mejoría de algunas depresiones.

Los insomnios persistentes también se relacionan con una gran variedad de trastornos médicos en particular el dolor y los síndromes de insuficiencia respiratoria. La analgesia adecuada y el tratamiento apropiado de los problemas médicos recudirá a los síntomas y disminuirá la necesidad de sedantes.

Otros trastornos que se acompañan de insomnio incluyen el mioclono nocturno, que consiste en movimientos repetidos de la pierna durante el sueño (cada 20 a 40 segundos) por contracción del músculo tibial anterior. Puede haber despertar intermitente, pero el cliente por lo general no se da cuenta del problema. Es posible que haya sueño durante el día.